宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰......

　　舞台は西暦2087年。月に誕生した軍事政権による統一国家・ギガノス帝国が地球連合に対して一方的に独立を宣言し、宣戦を布告。戦火はスペースコロニーと地球本土に拡大し、月面のマスドライバーやメタルアーマー (MA) などの兵器によって、地上の7割はギガノスに占拠されていた。　　そんな中、スペースコロニー「アルカード」の住人である主人公・ケーン・ワカバ、タップ・オセアノ、ライト・ニューマンの3人は、...