上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问...

　随着科技的进步和发展，科学家们终于研究出了能将水转化为能源的神奇技术，研究人员们想将研究结果公之于众造福人类，却遭到了金主保罗（摩根·弗里曼 Morgan Freeman 饰）的反对。　　灾难降临了，在庆祝实验成功的晚宴后，有人杀害了巴克利博士（Nicholas Rudall 饰）后又在实验室里安装了定时炸弹，幸运地在悲剧中幸存的两名研究人员莉莉（蕾切尔·薇姿 Rachel Weisz 饰）和埃...

　供职于某生物科技公司的生物化学科学家威廉·福斯特（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰），长久以来一直致力于克隆技术的研究。虽然科研的道路上困难重重，但他距离最终的成功似乎只有一步之遥。谁知就在关键时刻，一场车祸摧毁了他的幸福人生。车祸中，妻子莫娜（爱丽丝·伊芙 Alice Eve 饰）和三个可爱的孩子命归黄泉，这令威廉痛不欲生。然而，科学家的本能又促使他迅速冷静下来。他找到工作中的伙伴埃...

　第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗...

某晚，供职于普林斯顿大学的太空微生物学教授海伦•本森（Jennifer Connelly 饰）被警察和几名神秘人物带走，与她一同前往新泽西林伍德军校的还有业界内无数顶尖科学家。原来，NASA在探测外太空时发现有一不明物体正飞速接近地球。不久，一个闪耀着白色光芒的物体莅临曼哈顿上空，并降落在纽约公园中央，百姓、科学家和军方将其团团围住。稍顷，一个与人类身形极其相似的外星人（基努•里维斯 Keanu ...