晴明和博雅受人之托，前往了身患恶疮的平贞盛家中探望，在那里他们遇到了贞盛家的医生祥仙和他美丽的助手如月。二人追查感染恶疮的原因是，意外发现一切与二十年前平将门之乱有千丝万缕的关联。如月的真实身份到底是？等待京城的大劫难能不能被化解呢……...

　　来自宇宙中的Bratcher星的拥有黑暗能量的三人组到达了地球，将能量附身于蒸汽机车上从而获得了拥有自我意识且可以变身的机械生命体，其为了实现“将世界笼罩在一片黑暗之中”的目的，决定首先以日本地区为中心展开他们的黑暗大作战。为了阻止这一邪恶野心，维护正义的火车侠们从Hikarian星远道而来，于是围绕着火车侠们与黑暗军团之间的正邪之争开始了。...